« Je coopérerai pleinement à cette enquête ». Dans un message posté sur les réseaux sociaux, K. Khan a évoqué l’affaire révélée par le journal britannique The Guardian qui l’accuse d’abus sexuels, mais aussi d’avoir essayé de faire taire la victime présumée. Le journal britannique affirme ainsi que plusieurs membres du personnel de la Cour pénale internationale (CPI) étaient au courant de ces allégations contre K. Khan et ont même déclaré que le procureur et un autre responsable proche de lui avaient exhorté à plusieurs reprises la principale intéressée à désavouer les allégations concernant le comportement du juge. Ces tentatives présumées de faire taire celle-ci auraient eu lieu par téléphone et en personne, et seraient survenues après que K. Khan eut appris que les autorités judiciaires avaient été mises au courant des accusations dont il était l’objet.
La femme au cœur de l’affaire serait une avocate trentenaire réputée qui a travaillé directement pour le procureur. Les documents consultés par le Guardian font état d’« attouchements sexuels non désirés et d' »abus » sur une longue période ». Le journal fait également valoir 4 sources de la CPI qui dénonceraient des « comportements sexuels coercitifs et des abus d’autorité ». Le procureur âgé de 53 ans rappelle de son côté que les faits dont il est accusé ont été transmis au Mécanisme de contrôle indépendant (MCI) de la CPI et fait l’objet d’un classement « sans enquête » car aucune plainte n’a été déposée.
Au vu du scandale, K. Khan a réclamé « d’ouvrir une enquête immédiate sous l’égide du MCI sur les allégations de mauvaise conduite ». Il dénonce par ailleurs une opération de « désinformation ». Des sources ont par ailleurs affirmé au Guardian que la femme au cœur de l’affaire avait initialement hésité à porter plainte contre K. Khan par peur de représailles, et de crainte que cette affaire ne soit exploitée par Israël ou des opposants au tribunal. En effet, K. Khan a défrayé la chronique par le passé avec une approche de son rôle que le docteur en droit public Karine Bechet-Golovko qualifie de « vision ultra-globaliste du monde ». Il a ainsi émis des mandats d’arrêts contre des chefs d’État, au premier rang desquels le président russe Vladimir Poutine puis plus récemment le Premier ministre israélien et de son ministre de la Défense.